第一章 總則
第一條為了确保上海市重點學科（第二期）（以下簡稱“重點學科”）建設規劃的順利實施，完成重點學科建設任務和目标，根據《上海市重點學科（第二期）建設實施方案》，特制定本管理辦法。
第二條重點學科建設應建立聯合共建、流動競争和開放創新的運行機制。
第三條重點學科建設經費必須設立獨立賬冊，專款專用。
第四條上海市重點學科建設經費不得用于基建項目。
第二章 經費投入
第五條重點學科建設應作為學校發展的關鍵工作，學校要優先支撐和充分保障重點學科的建設和發展。
第六條學校為學科建設的主體，對重點學科需優先予以投入，其中學校直接經費投入比例不低于學校總投入的50%。學校投入經費也應設立獨立賬冊，專款專用。
第七條上海市教育委員會根據學科類别、學科建設規劃，以及學校對重點學科的投入強度，在規定額度内對重點學科投入一定的建設經費。
第八條各重點學科應積極争取國家、部委、上海市和企事業的重大項目，多渠道籌集經費，努力提高學科的總體水平和對社會的貢獻率。
第三章 經費使用範圍
第九條重點學科建設經費主要用于研究基地建設、人才隊伍建設、科學研究、國内外學術交流與合作等方面（各學科根據建設發展的實際需要可有所側重），不得移作他用。
第十條重點學科研究基地建設包括研究基地改造、實驗裝備及圖書資料購置等。重點學科要根據學科建設和發展的需要，圍繞拟重點突破的研究方向購置先進的實驗裝備，其中設備引進主要以公共實驗平台建設的需要為依據（優勢學科需将相對集中、有足夠空間并且實驗條件先進的研究基地作為重要建設内容）。學科所有的大型儀器設備必須集中管理，要提高實驗設備的使用率和開放度，以形成國家級重點（開放）實驗室、工程（技術）研究中心、人文社會科學重點研究基地、産學研中試基地等大型、公共研究基地。
第十一條重點學科建設要設立開放經費，用于吸引國内外優秀人才進入基地進行高水平的科學研究。
第十二條在重點學科的建設和發展中，要積極引進國内外優秀的領軍人物和創新團隊，形成流動、開放和激勵的競争機制，強化學科隊伍實力，增強培養高層次人才的能力。學科應對優秀人才提供良好的創新研究環境及工作條件。
第十三條重點學科應結合社會和經濟發展中迫切需要解決的關鍵問題，積極争取國家、地方和企事業單位的重大項目。重點學科建設經費應為重大項目的研究提供必要的支撐條件，也可以用于開展必要的預研究。
第十四條鼓勵重點學科主辦及參加重要的國際學術會議，開展高層次的國際合作研究。
第四章 經費預算、下撥及決算
第十五條重點學科建設經費，由學科根據建設任務和目标提出經費總預算及年度經費預算，經專家論證和上海市教育委員會審核确定，實行事權和财權一緻的原則。
第十六條上海市教育委員會按照批準的建設規劃及經費預算，按年度下達建設經費。
第十七條重點學科建設實行動态調整，滾動發展。上海市教育委員會将在年度檢查、中期評估和終期評估驗收的基礎上，對完成情況好的學科予以獎勵；對完成情況較差，甚至無法完成建設規劃的學科停撥建設經費，直至取消“上海市重點學科”稱号。
同時，建設期間如教育部開展重點學科評審工作，優勢學科不能被評為重點學科的，上海市教育委員會将取消其優勢學科的命名，并降低投入強度，其降低後所造成的經費缺口由所在學校補足。
特色學科和培育學科在建設期間獲得突出進展的，将相應提高投入經費的額度。
第十八條重點學科建設經費以自然年度為核算期，各重點學科應于每年第四季度根據當年的實際使用情況，編制年度經費決算報表，并于年度終了後20個工作日内送上海市教育委員會。
第五章 經費管理與監督
第十九條重點學科建設經費應嚴格按照建設規劃使用，如因特殊原因需要變動，須報請上海市教育委員會核準。
第二十條學校要加強對經費的管理，多方籌集的重點學科建設資金應全部納入學校财務處管理，學校學科建設歸口管理部門會同有關部門對經費使用進行全面監督。
第二十一條各有關高校領導、各學科帶頭人都應自覺維護國家的财經紀律，其支出标準按國家有關規定執行。專項經費不得用于各種罰款、還貸、捐贈贊助支出。應認真接受上級主管部門、财政、審計等部門的監督和檢查，發現問題，及時糾正。
第二十二條上海市教育委員會将根據有關規定對各學科經費使用、設備管理等情況，每年進行定期和不定期的重點檢查，如發現違規行為，将追究責任。
第二十三條重點學科在建設過程中産生的科研成果、專著、論文以及購置的儀器設備、圖書資料，需統一注明為“上海市重點學科建設項目資助，項目編号：ＸＸＸＸＸ”。
第二條重點學科建設應建立聯合共建、流動競争和開放創新的運行機制。
第三條重點學科建設經費必須設立獨立賬冊，專款專用。
第四條上海市重點學科建設經費不得用于基建項目。
第二章 經費投入
第五條重點學科建設應作為學校發展的關鍵工作，學校要優先支撐和充分保障重點學科的建設和發展。
第六條學校為學科建設的主體，對重點學科需優先予以投入，其中學校直接經費投入比例不低于學校總投入的50%。學校投入經費也應設立獨立賬冊，專款專用。
第七條上海市教育委員會根據學科類别、學科建設規劃，以及學校對重點學科的投入強度，在規定額度内對重點學科投入一定的建設經費。
第八條各重點學科應積極争取國家、部委、上海市和企事業的重大項目，多渠道籌集經費，努力提高學科的總體水平和對社會的貢獻率。
第三章 經費使用範圍
第九條重點學科建設經費主要用于研究基地建設、人才隊伍建設、科學研究、國内外學術交流與合作等方面（各學科根據建設發展的實際需要可有所側重），不得移作他用。
第十條重點學科研究基地建設包括研究基地改造、實驗裝備及圖書資料購置等。重點學科要根據學科建設和發展的需要，圍繞拟重點突破的研究方向購置先進的實驗裝備，其中設備引進主要以公共實驗平台建設的需要為依據（優勢學科需将相對集中、有足夠空間并且實驗條件先進的研究基地作為重要建設内容）。學科所有的大型儀器設備必須集中管理，要提高實驗設備的使用率和開放度，以形成國家級重點（開放）實驗室、工程（技術）研究中心、人文社會科學重點研究基地、産學研中試基地等大型、公共研究基地。
第十一條重點學科建設要設立開放經費，用于吸引國内外優秀人才進入基地進行高水平的科學研究。
第十二條在重點學科的建設和發展中，要積極引進國内外優秀的領軍人物和創新團隊，形成流動、開放和激勵的競争機制，強化學科隊伍實力，增強培養高層次人才的能力。學科應對優秀人才提供良好的創新研究環境及工作條件。
第十三條重點學科應結合社會和經濟發展中迫切需要解決的關鍵問題，積極争取國家、地方和企事業單位的重大項目。重點學科建設經費應為重大項目的研究提供必要的支撐條件，也可以用于開展必要的預研究。
第十四條鼓勵重點學科主辦及參加重要的國際學術會議，開展高層次的國際合作研究。
第四章 經費預算、下撥及決算
第十五條重點學科建設經費，由學科根據建設任務和目标提出經費總預算及年度經費預算，經專家論證和上海市教育委員會審核确定，實行事權和财權一緻的原則。
第十六條上海市教育委員會按照批準的建設規劃及經費預算，按年度下達建設經費。
第十七條重點學科建設實行動态調整，滾動發展。上海市教育委員會将在年度檢查、中期評估和終期評估驗收的基礎上，對完成情況好的學科予以獎勵；對完成情況較差，甚至無法完成建設規劃的學科停撥建設經費，直至取消“上海市重點學科”稱号。
同時，建設期間如教育部開展重點學科評審工作，優勢學科不能被評為重點學科的，上海市教育委員會将取消其優勢學科的命名，并降低投入強度，其降低後所造成的經費缺口由所在學校補足。
特色學科和培育學科在建設期間獲得突出進展的，将相應提高投入經費的額度。
第十八條重點學科建設經費以自然年度為核算期，各重點學科應于每年第四季度根據當年的實際使用情況，編制年度經費決算報表，并于年度終了後20個工作日内送上海市教育委員會。
第五章 經費管理與監督
第十九條重點學科建設經費應嚴格按照建設規劃使用，如因特殊原因需要變動，須報請上海市教育委員會核準。
第二十條學校要加強對經費的管理，多方籌集的重點學科建設資金應全部納入學校财務處管理，學校學科建設歸口管理部門會同有關部門對經費使用進行全面監督。
第二十一條各有關高校領導、各學科帶頭人都應自覺維護國家的财經紀律，其支出标準按國家有關規定執行。專項經費不得用于各種罰款、還貸、捐贈贊助支出。應認真接受上級主管部門、财政、審計等部門的監督和檢查，發現問題，及時糾正。
第二十二條上海市教育委員會将根據有關規定對各學科經費使用、設備管理等情況，每年進行定期和不定期的重點檢查，如發現違規行為，将追究責任。
第二十三條重點學科在建設過程中産生的科研成果、專著、論文以及購置的儀器設備、圖書資料，需統一注明為“上海市重點學科建設項目資助，項目編号：ＸＸＸＸＸ”。